Платник податку веде реєстр виданих та отриманих податкових накладних (далі - Реєстр) в електронному вигляді, у якому зазначається, зокрема, порядковий номер податкової накладної (далі - ПН) (пункт 201.15 статті 201 розділу V Кодексу). Порядковий номер ПН присвоюється відповідно до її номера в Реєстрі (пункт 3 Порядку № 969).

Відповідно до пункту 9 Порядку ведення Реєстру виданих та отриманих податкових накладних, затвердженого наказом Державної податкової адміністрації України від 24.12.2010 р. № 1002 (далі - Порядок № 1002), заповнення окремих граф у розділі I передбачено наступним чином:

• у графі 1 проставляється порядковий номер документа, який вноситься до Реєстру: ПН, який відповідає порядковому номеру запису в Реєстрі; розрахунку коригування кількісних та вартісних показників до ПН (додаток 2 до ПН), на підставі якого здійснюється запис у Реєстрі; документа бухгалтерського обліку;
• у графі 2 вказується: дата виписки ПН, яка відповідає даті виникнення податкових зобов'язань з ПДВ; дата розрахунку коригувань кількісних та вартісних показників; у разі експорту товару - дата виписки ПН, яка відповідає даті оформлення вантажно-митної декларації (далі - ВМД); дата оформлення бухгалтерського документа, що підтверджує факт здійснення операцій, які не є об'єктом оподаткування ПДВ;
• у графі 3 вказується: порядковий номер ПН, який відповідає номеру з графи 1, тобто порядковому номеру запису в Реєстрі; номер розрахунку коригувань; номер документа бухгалтерського обліку. У разі якщо платником ПДВ здійснюються експортні операції, то у графі 3 проставляються останні 6 цифр ВМД (порядковий номер митної декларації в журналі обліку ВМД на митниці). При цьому номер наступної ПН повинен відповідати порядковому номеру запису в Реєстрі.

За вибором платника нумерацію можна вести за кожний місяць окремо, починаючи з № 1, або наскрізну за весь рік.

За порушення законів з питань оподаткування передбачена фінансова, адміністративна та кримінальна відповідальність (пункт 111.1 статті 111 розділу II Кодексу). За порушення порядку нумерації податкових накладних в Реєстрі (що не призводить до стягнення грошових зобов'язань та відповідно застосування фінансових санкцій) застосовується адміністративний штраф. Накладається адміністративний штраф на керівника та іншу посадову особу підприємства у разі порушення ними встановленого законом порядку ведення податкового обліку. Ураховуючи те, що зазначення порядкового номера податкових накладних в Реєстрі передбачене Кодексом, то за порушення порядку нумерації податкових накладних в Реєстрі може бути застосовано адміністративний штраф. Розмір адмінштрафу відповідно до статті 1631 Кодексу України про адміністративні правопорушення від 07.12.84 р. № 8073 складає від 5 до 10 неоподатковуваних мінімумів доходів громадян (на сьогодні це від 85 грн. до 170 грн.).

Крім того, слід нагадати, що порушення порядку заповнення податкової накладної не дає права покупцю на включення сум податку на додану вартість до податкового кредиту та не звільняє продавця від обов'язку включення суми податку на додану вартість, вказаної в податковій накладній, до суми податкових зобов'язань за відповідний звітний період.