Відповідно до п. 50.1 ст. 50 розділу ІІ ПКУ, у разі якщо у майбутніх податкових періодах (з урахуванням строків давності, визначених ст. 102 ПКУ) платник податків самостійно виявляє помилки, що містяться у раніше поданій ним податковій декларації (крім обмежень, визначених цією статтею), він зобов’язаний надіслати уточнюючий розрахунок до такої податкової декларації за формою чинного на час подання уточнюючого розрахунку. Платник податків має право не подавати такого розрахунку, якщо відповідні уточнені показники зазначаються ним у складі податкової декларації за будь-який наступний податковий період, протягом якого такі помилки були самостійно виявлені.
Платник податків, який самостійно виявляє факт заниження податкового зобов’язання минулих податкових періодів, зобов’язаний, за винятком випадків, установлених п. 50.2 цієї статті:
а) або надіслати уточнюючий розрахунок та сплатити суму недоплати і штраф у розмірі трьох відсотків від такої суми до подання такого уточнюючого розрахунку;
б) або відобразити суму недоплати у складі декларації з цього податку, що подається за податковий період, наступний за періодом, у якому виявлено факт заниження податкового зобов’язання, збільшену на суму штрафу у розмірі п’яти відсотків від такої суми, з відповідним збільшенням загальної суми грошового зобов’язання з цього податку.
Згідно з пп. 129.1.2 ст. 129 розділу ІІ ПКУ пеня нараховується, зокрема, у день настання строку погашення податкового зобов’язання, нарахованого платником податків у разі виявлення його заниження на суму такого заниження та за весь період заниження (в т. ч. за період адміністративного та/або судового оскарження). Пеня, визначена пп. 129.1.2 ст. 129 розділу ІІ ПКУ, нараховується з розрахунку 120 відсотків річних облікової ставки НБУ, чинної на день заниження (абз. 2 п. 129.4 ст. 129 розділу ІІ ПКУ). Нарахування пені закінчується у день зарахування коштів на відповідний рахунок Держказначейства України та/або в інших випадках погашення податкового боргу та/або грошових зобов’язань (пп. 129.3.1 ст. 129 розділу ІІ ПКУ).

Таким чином, при самостійному виявленні платником податків заниження суми податкового зобов’язання пеня розраховується виходячи зі суми заниження та за весь період заниження (з дня настання строку погашення податкового зобов’язання до дня фактичної сплати (включно) суми заниженого податкового зобов’язання) з розрахунку 120 відсотків річних облікової ставки НБУ, чинної на день заниження. При цьому сума пені у податковій декларації з ПДВ відображенню не підлягає.