За час дії Податкового кодексу України зміни до нього внесено кількома законами. Найбільш масштабні за кількістю внесено Законом України від 07.07.2011 р. №3609-VI, який набрав чинності 06.08.2011 р.
Законом №3609-VI внесено зміни до статті 123 «Штрафні (фінансові) санкції (штрафи) у разі визначення контролюючим органом суми податкового зобов’язання» Податкового кодексу України.
Новою редакцією зазначеної статті не передбачено застосування фінансової санкції при самостійному визначенні контролюючим органом від’ємного значення суми податку на додану вартість платника податків.
Тільки зменшення суми бюджетного відшкодування тягне за собою накладення на платника податків штрафу в розмірі 25% суми визначеного податкового зобов’язання, завищеної суми бюджетного відшкодування, а у разі повторного протягом 1095 днів зменшення контролюючим органом суми бюджетного відшкодування — штрафу у розмірі 50% завищеної суми бюджетного відшкодування.
Скасовано накладення штрафу у розмірі 75% суми нарахованого податкового зобов’язання, неправомірно заявленої до відшкодування суми бюджетного відшкодування або неправомірно заявленої суми від’ємного значення суми ПДВ у третій раз і більше протягом 1095 днів.
Внесено важливе для платників нововведення — продовжено термін реєстрації податкових накладних у Єдиному реєстрі податкових накладних. Реєстрація податкових накладних не обов’язково повинна здійснюватися протягом того самого дня, коли її виписано. Зареєструвати податкову накладну можна протягом 20-ти календарних днів, наступних за датою її виписки. Видача такої податкової накладної покупцю здійснюється тільки після реєстрації її в Єдиному реєстрі податкових накладних.