Рішення, прийняті контролюючим органом, можна оскаржити в адміністративному або судовому порядку. 

Скарга подається до контролюючого органу вищого рівня у письмовій формі (за потреби — з належно засвідченими копіями документів, розрахунками та доказами, які платник вважає за потрібне надати) протягом 10 робочих днів, що настають за днем отримання підприємцем податкового повідомлення-рішення (далі — ППР) або іншого рішення контролюючого органу, що оскаржується (абз. 1 п. 56.3 Податкового кодексу України, далі — ПК).

Протягом шести місяців з дати закінчення десятиденного строку (встановленого абз. 1 ст. 56.3 ПК) платник має право подати скаргу разом з клопотанням про поновлення пропущеного строку на подання скарги в адміністративному порядку та копіями підтверджуючих документів поважності причин його пропуску (за наявності). Контролюючий орган вищого рівня, розглядаючи клопотання, поновлює пропущений строк на подання скарги в адміністративному порядку, якщо визнає причини його пропуску поважними.

Скарги на рішення територіальних органів подаються до ДПСУ. 

Якщо контролюючий орган самостійно визначає податкове зобов’язання платника за причинами, не пов’язаними із порушенням податкового законодавства, такий платник має право на адміністративне оскарження протягом 30 календарних днів після надходження ППР.

ГУ ДПС у Київській області звертає увагу, що строки подання скарги на ППР або будь-яке інше рішення контролюючого органу можуть бути продовжені за правилами і на підставах, визначених п. 102.6 ПК. Тимчасово, на період коронавірусного карантину, зупиняється перебіг строків, встановлених, зокрема, ст. 56 ПК (в частині процедури адміністративного оскарження) щодо скарг платників (крім скарг щодо законності декларування заявленого до відшкодування з бюджету ПДВ та/або з від’ємного значення з ПДВ), які надійшли (надійдуть) по останній календарний день місяця, коли завершується дія карантину, та/або які не розглянуті станом на 18 березня 2020 року. З першого календарного дня місяця, наступного за місяцем, в якому завершується дія карантину, продовжується перебіг строків з урахуванням часу, що минув до такого зупинення.